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2019-04-01T01:04:00+00:00
【测序实验】二代测序文库读长的影响因素实验角度简介 简书
2018年1月4日 Hiseq 2500：PE250——长度较长，通量较Miseq大 Hiseq 3000、Hiseq4000、Nextseq 500：PE150 Hiseq Xten：PE150 （illunima的性能怪兽，10台测 2019年12月19日 NovaSeq 推出PE250模式，就是要充分利用其高数据量产出的特点，来匹配现在微生物组学研究对长测序读长、高测序数据量、以及大队列样本检测的需求。 现阶段PE250模式下产出的数据量是MiSeq 扩增子测序，测得更长好还是测得数据更多好？ 微生 2022年2月11日 9 人 赞同了该文章 问题由来：当目标序列较长时，比如300bp、400bp等，就需要利用双端测序数据进行序列拼接，才能得到目标序列。 通常双端测序 双端测序序列拼接 知乎2019年9月4日 NovaSeq PE250 扩增子测序的更优选择 如果你对NovaSeq PE250是否能像MiSeq PE300那样胜任菌群多样性分析工作有犹豫。咱们来看看NovaSeq的16S rRNA基因双可变区（V3+V4）实测数据吧。 微生物组16S测序又有大动作！升级至NovaSeq PE250 2020年6月18日 晶能生物自首次引进Novaseq6000，测序数据令人满意，远超官方标准。今天，Novaseq 6000 SP芯片PE250实测数据下机，质量惊艳。 单flowcell数据产出55067 晶能生物首批Novaseq 6000 SP芯片PE250实测数据表现惊艳
官宣NovaSeq PE250重磅来袭，数据量翻倍“豪”礼大
2019年6月20日 官宣NovaSeq PE250重磅来袭，数据量翻倍“豪”礼大放送！ Novaseq自推出以来，其数据量的高产出大家都有目共睹，在2019年年初Illumina公司推出Novaseq SP*芯片，不仅保持一贯的数据量高产出 2019年9月4日 还有个好消息告诉你，为充分发挥NovaSeq平台数据量高产出的优势，从现在起，我们为采用NovaSeq PE250检测16S菌群多样性（双区V3+V4）的老师，当然也包括ITS菌群多样性检测，免费升级测序数据 微生物组16S测序又有大动作！升级至NovaSeq PE250 2020年6月18日 Illumina Novaseq6000 SP PE250模式特别适合大规模的微生物群落研究。 未来，晶能生物将依托于优质的Illumina Novaseq6000测序系统——更灵活的测序模式选择，更长的测序读长（最高2×250 bp），更高的检测通量，更优惠的检测价格，希望服务于更多的科研人员采用先进的实验方法探索未知的生物世界。晶能生物首批Novaseq 6000 SP芯片PE250实测数据表现惊艳 2020年6月30日 Hiseq2500常用的模式为SR50和PE250，SR50读长为50个碱基，small RNA测序一般选择这种模式；PE250读长为500个碱基，16s文库或插入较长的文库会选用该模式。 HiSeq Xten和Novaseq6000常用模式为PE150，其读长为300个碱基，大部分的RNA文库和DNA文库均采用该模式进行测序。测序部十问十答 – circRNA论坛2023年10月9日 测序策略： 16S V3+V4 Illumina Hiseq 2500 PE250 研究结论：不同条件下的PE膜具有独特的降解性能，改变了土壤微生物群落组成。此外，在塑料薄膜上形成了一个巨大的独特的微生物群，这可能会改变土壤的基本性质。微生物多样性测序分析及环境，土壤微生物分析 百迈客生物
以illumina二代测序技术为例深入理解测序 知乎
2023年7月26日 测序仪器——flowcell 测序反应的发生场所，来源:illumina 一块小小的测序芯片，约为半截小拇指大小，上面有八条lane（通道），每个通道的表面上有两段不同的DNA引物与之共价连接。 来源:illumina 之所以需要共价相连，是因为后续反应有大量的反应 2023年3月20日 Illumina PE250测序得到的PE reads首先根据重叠(overlap)关系进行拼接，同时对序列质量进行质控和过滤，对所有样本的有效数据以97%的一致性进行操作分类单元(Operational Taxonomic Units，OTU)聚类分析和物种注释(数据库Silval32)。自然衰老大鼠的肠道菌群演变 中国医学前沿杂志（电子版）2020年2月29日 综上所述，可以预料MiSeq颓势尽显，被NovaSeq PE250取代并下市只是时间问题。 3 16S扩增子测序数据量的选择 很多科研工作者纠结16S扩增子测序单样本测序量究竟应该测到多少？而造成这一现象直接的原因是市面上提供该服务的主流服务商间测序服务指标漫谈 16S扩增子多样性测序该选什么平台，测多少数据量？2020年7月19日 测序平台：Miseq（PE250 ） 主要结论：低纬度的污水处理厂往往拥有更 多种类的微生物，年平均温度是影响微生物 群落结构的最重要因素。鱼肠道微生物 BMC Veterinary Research：水解 微生物16S/18S/ITS/功能基因NovaseqPE250、SE50、PE50测序隆重问世 2019年这个夏天，诺禾致源推出 Novaseq 6000系统 SP 试剂，进行 PE250、SE50、PE50 三种测序策略，相较于 Hiseq 2500平台的 PE250、SE50 通量更高、周期更短、质量更高、价格更优惠，为您的科研之路提供更多选择。 下面小编就给大家介绍 NovaseqPE250、SE50、PE50测序隆重问世！！！百度文库
pe100给水管De250什么意思？百度知道
2014年12月26日 pe100给水管De250什么意思？ #热议# 上班途中天气原因受伤算工伤吗？ 是指静液压强度100MPa下,公称外径为250mm的PE（聚乙烯）给水管。 通俗一点，就是指外径为25公分的塑料水管。 管径DN与De的区别有哪些？ De主要是指管道外径，一般采用De标注的，均需要标注 2015年8月12日 有个微生物的测序项目，测16s rRNA 的v4区，最好是illumina miseq+PE250 的组合。仅测序，数据自己分析， 首页 知乎知学堂 发现 等你来答 切换模式 登录/注册 DNA 测序 高通量测序仪 目前国内 目前国内做16s rRNA测序的公司有推荐吗？illumina2019年7月3日 那么，今天跟大家分享一下在细菌16s rDNA微生物多样性研究（有的也称为扩增子测序）中，可变区的选择需要考虑哪些问题。 一、细菌多样性研究介绍 背景： a 动物、植物和微生物是地球上主要的生物 细菌16s rDNA微生物多样性研究中可变区的选择 知乎2018年11月17日 50bp X 1端 X read数 = 数据量 例如，测20M read，50bp X 1端 X 20M read = 1000M = 1G 再絮叨一句：这里的G是碱基数（Gbase，Gb），跟你看到的文件大小（gigabyte，GB）不是一回事哦~ 测序公司给你的文件通常是 压缩的fastq格式 ，里面有 read ID号 ，有 碱基 ，有 每个碱基的质量 测多少数据量？几个G？多少reads？如何换算？测序数据量 2017年2月5日 说说NovaSeq 今天高通量测序圈发生一件大事，illumina推出了自己新一代测序仪NovaSeq系列，有很多媒体和公司报道，有争先发声表明自己已经下单了的，也有搭车贬低说「芯片还备好呢，就先抢着发布了。 个人基因组100美元时代到来？ 没戏！ 还是看 说说NovaSeq 知乎
Phenomics复旦大学郑琰与全哲学联合发表处理人体微生物
2023年4月23日 phenomics《表型组学》期刊 近日，《表型组学》（Phenomics）在线发表了复旦大学人类表型组研究院郑琰研究员和生命科学学院全哲学教授题为“Sample collection, DNA extraction, and library construction protocols of the human microbiome studies in the International Human Phenome Project”的研究 2017年8月21日 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 本文采用目前最主流的扩增子测序数据类型HiSeq2500 PE250类型数据为例，结合目前主流方法QIIME+U定制的分析流程。 本课程中所需的测序数据、实验设计和课程分析生成的中间文件，均可以直去百度云下载。 链接 扩增子分析解读1质控 实验设计 双端序列合并 弗雷赛斯 2017年6月19日 1 RNAseq测序的原理： 利用RNAseq数据计算基因表达量的根本原理在于当转录组内一个基因的表达丰度高时，测序后定位到其对应基因组区域的读段也就相应变多。 因此可以通过统计比对到基因外显子区的读段数目来计算基因表达水平。 很显然，比对读段 转录组测序的一些知识总结 知乎2020年5月27日 MiSeq测序平台因其成本低，读长中等和454焦磷酸测序仪的下市（2015年末）等天时地利的原因，在20152019年成为备受推崇的16S扩增子测序平台（从文章发表数量上也可见一斑）。适配MiSeq平台的测序读长丰富多样，主要应用于16S扩增子服务的 16S扩增子多样性测序平台、测序数据量选择汇总 豆丁网2019年12月12日 测序策略 转录组测序上机前需要确定 测序文库片段大小以及测序深度 ，以确保得到合适的结果。 目前，通常的转录组测序选择 200300bp的片段大小 ，采用 PE125或PE150 进行双端测序。 目标物种 转录组测序技术和结果解读（二）——文库构建和测序
PE100是指什么？PE管究竟如何分级？ 知乎
2022年7月11日 发布于 18:05 私募股权（PE） PE管 HDPE塑料 赞同 6 首先明确一个问题，PE100是指PE材质等级，绝对不是指直径，DN100才是指直径，对应外径110mm的PE管。 PE材料按照国际标准划分为五个等级： PE32级、PE40级、PE63级、PE80级和PE100级。 我们用于给水管道的PE 2023年1月3日 三代全长微生物多样性较二代最大的优势是讲承诺注释到“属”水平提升至“种”水平，我们基于大量的实测项目，基于Illumina和Pacbio，对不同分类学水平物种注释率进行统计，结果发现Pacbio测序平台在各个分类学水平注释率均高于Illumina测序平台。 基于粪便 Pacbio全长微生物多样性测序原理及实测结果展示 知乎2021年7月5日 高通量测序平台兴起于科研领域的应用，但目前的主战场已经转移到临床应用，而后兴起的第三代测序，由于准确度较差，成本更高，优势仍在科研端，临床客户选择较少，临床客户的选择也是集中在科研方向，而非临床方向。 对二代测序而言，最早应用 高通量测序平台参数对比 知乎2020年9月25日 值得一提的是，本研究使用Illumina NovaSeq PE250模式对肠道菌群16S rRNA基因V3V4区进行测序，并且使用了QIIME2的最新分析流程（包括DADA2生成ASV、PICRUSt2功能预测分析等）。NovaSeq具有超高测序通量（点击查看），而QIIME2 NovaSeq测序+QIIME2分析，最新案例来啦！多糖2013年10月30日 Miseq：PE250有读长优势，可以测CDR1、CDR2、CDR3 ，有利于抗体改造等应用。 4）免疫组库的测序深度？能得到多少序列？ 测序深度一般根据序列的多样性来确定，比如一次PCR可以获得10 6 种序列，而每一种序列平均表达在10左右，换算过来大概 免疫组库测序产品技术说明文档 － 丁香通
NovaSeq系统规格 测序的新纪元正式到来 Illumina
* 质量分值 (Qscore) 是对碱基检出中错误发生几率的预测。 bases > Q30 的百分比为整个运行中数据的平均值。 † 运行时间包括在NovaSeq 6000系统上进行簇生成、测序以及运行双S2流动槽进行碱基读取的时间。2013年5月4日 PE250×1000 型颚式破碎机的设计 摘要：国内使用的颚式破碎机类型很多,但常见的还是传统的 PE250×1000 型颚式破碎机。PE250×1000 型颚式破碎机的出现已有 140 多年的历史,经过人们长期的实践和不断完善与改进,其结构型式和机构参数日臻合理 PE250×1000型颚式破碎机的设计论文 道客巴巴2020年4月4日 我们都知道高通量测序以读长短、通量高为其特点，读长并不是越长越好，越长的读长在多次循环反应后累计的错误越多（这一点划重点，后面会考），最后的数据质量差到辣眼睛，更别提测新冠病毒了。 如何看待：华大智造公开质疑中国疾控中心：定向采购 2021年3月9日 llumina作为测序行业的龙头企业，所占市场份额达70%。最初由四位博士于1998年共同创建，总部位于美国加利福尼亚圣地亚哥,主要销售微阵列芯片，于2000年在纳斯达克挂牌上市。2006年收购Solexa公司，获得新一代高通独占鳌头的Illumina仪器(二代测序篇) 知乎2023年3月16日 PE150表示Pairedend 150 bp，SE50是Singleend 50 bp。 它们的区别主要在于 测序方式 和 读长长度 。 PE150测序方式是指将DNA样品分别进行两次 测序 ，生成两个长度为150bp的reads，这两个reads之间存在一定的空隙，可以利用这个空隙进行 序列 比对和拼接，从而得到更长的 测序 PE150 与 se50 的区别是什么？ 知乎
目前有哪些做的比较好的测序公司，在科研服务上各有什么
2021年9月12日 天津百奥医药科技有限公司 是由 高通量测序技术 专家创立的 肿瘤靶向诊疗仪器 、诊断试剂 产品开发 的 高新技术企业 。 公司具有深厚的 单细胞测序 仪器、诊断试剂、诊疗技术积淀。 公司总部 位于天津，在北京、上海、 深圳 、重庆等地设有分部或 办事 2022年6月29日 （5）基于Illumina NoveSeq 6000平台，进行双末端PE250测序。07 转录组测序和DEG的关系是什么？答： DEG，即数字基因表达谱。转录组和DEG的主要差别在于测序策略、数据量、和分析内容。转录组测序数据量较大，除了分析差异表达基因，还可以进行转录组学测序——百问百答（上篇） 知乎2022年3月24日 根据测序策略的不同，一次操作能同时在两端延伸大约100bp（PE150）或200bp（PE250、PE300）不等。 如此循环，直到reads能把两端接起来。 如果使用这种方法发现了测序断点，即在某段区域不再存在reads支持，两端的序列无法再通过reads继续延伸，但gap仍未连接起来时，则表明基因组中确实存在了测序未测 20200818【转载】丨叶绿体基因组二代测序组装经验分享 2023年3月22日 其中Illumina等二代测序平台应用最为广泛，虽然测序长度较短（如NovaSeq 6000系统最长测序为 双端250bp，即PE250），但测序量高。 （1）16S rRNA基因测序 16S 测序利用细菌16S rDNA序列测序的方法对细菌进行 种属鉴定 ，可以对细菌分类及种属丰度情况快速鉴定。肠道微生物与疾病相关的分析思路 知乎2017年7月28日 Illumina推出的Novaseq可以将全基因组测序的价格从从一千美元降到百美元级别 ？ 根据Illumina官方给出的数据： 对于HiSeq 2500的客户，NovaSeq每Gb成本下降了50%，而S2流动槽的产量增加了一倍。 对于HiSeq 4000的客户，NovaSeq的成本下降了45%，而S3流动槽的产量达到25倍 如何看待 Illumina 推出 NovaSeq 系列测序仪？ 知乎
微生物组16S测序又有大动作！升级至NovaSeq PE250
2019年9月4日 还有个好消息告诉你，为充分发挥NovaSeq平台数据量高产出的优势，从现在起，我们为采用NovaSeq PE250检测16S菌群多样性（双区V3+V4）的老师，当然也包括ITS菌群多样性检测，免费升级测序数据 2020年6月18日 Illumina Novaseq6000 SP PE250模式特别适合大规模的微生物群落研究。 未来，晶能生物将依托于优质的Illumina Novaseq6000测序系统——更灵活的测序模式选择，更长的测序读长（最高2×250 bp），更高的检测通量，更优惠的检测价格，希望服务于更多的科研人员采用先进的实验方法探索未知的生物世界。晶能生物首批Novaseq 6000 SP芯片PE250实测数据表现惊艳 2020年6月30日 Hiseq2500常用的模式为SR50和PE250，SR50读长为50个碱基，small RNA测序一般选择这种模式；PE250读长为500个碱基，16s文库或插入较长的文库会选用该模式。 HiSeq Xten和Novaseq6000常用模式为PE150，其读长为300个碱基，大部分的RNA文库和DNA文库均采用该模式进行测序。测序部十问十答 – circRNA论坛2023年10月9日 测序策略： 16S V3+V4 Illumina Hiseq 2500 PE250 研究结论：不同条件下的PE膜具有独特的降解性能，改变了土壤微生物群落组成。此外，在塑料薄膜上形成了一个巨大的独特的微生物群，这可能会改变土壤的基本性质。微生物多样性测序分析及环境，土壤微生物分析 百迈客生物2023年7月26日 测序仪器——flowcell 测序反应的发生场所，来源:illumina 一块小小的测序芯片，约为半截小拇指大小，上面有八条lane（通道），每个通道的表面上有两段不同的DNA引物与之共价连接。 来源:illumina 之所以需要共价相连，是因为后续反应有大量的反应 以illumina二代测序技术为例深入理解测序 知乎
自然衰老大鼠的肠道菌群演变 中国医学前沿杂志（电子版）
2023年3月20日 Illumina PE250测序得到的PE reads首先根据重叠(overlap)关系进行拼接，同时对序列质量进行质控和过滤，对所有样本的有效数据以97%的一致性进行操作分类单元(Operational Taxonomic Units，OTU)聚类分析和物种注释(数据库Silval32)。2020年2月29日 综上所述，可以预料MiSeq颓势尽显，被NovaSeq PE250取代并下市只是时间问题。 3 16S扩增子测序数据量的选择 很多科研工作者纠结16S扩增子测序单样本测序量究竟应该测到多少？而造成这一现象直接的原因是市面上提供该服务的主流服务商间测序服务指标漫谈 16S扩增子多样性测序该选什么平台，测多少数据量？2020年7月19日 高通量DNA测序仪 Miseq 长片段高通量测序系统 酸提取建库测序数据分析 全流程配套基因组技术服务 DNA剪切仪 生物分析仪 Nextseq500高通量测序系统 基因组技术平台情况简介 酸片段回收仪 脉冲场电泳系统 基因组组装分析仪 Qubit荧光计微生物16S/18S/ITS/功能基因NovaseqPE250、SE50、PE50测序隆重问世 2019年这个夏天，诺禾致源推出 Novaseq 6000系统 SP 试剂，进行 PE250、SE50、PE50 三种测序策略，相较于 Hiseq 2500平台的 PE250、SE50 通量更高、周期更短、质量更高、价格更优惠，为您的科研之路提供更多选择。 下面小编就给大家介绍 NovaseqPE250、SE50、PE50测序隆重问世！！！百度文库